Микрокосм. E. coli и новая наука о жизни - Карл Циммер

Я хотел бы также поблагодарить ученых и писателей, просмотревших и подкорректировавших рукопись или часть ее. Среди них Ури Алон, Марк Ахтман, Майкл Балтер, Мадан Бабу, Лес Детлефсен, Джон Ингрэм, Ричард Ленски, Ник Матцке, Фредерик Нидхардт, Моника Райли, Эрик Стюарт, Майкл Фельдгарден, Кевин Фостер и Джеймс Ху. Особенно много времени уделил рукописи Мозелио Шехтер. В любых ошибках, избежавших их пристального внимания, виноват я и только я. Хочу поблагодарить Дорона Вебера из фонда Alfred P. Sloan Foundation, помогавшего мне с финансированием исследований в процессе подготовки книги. Также приношу благодарность редакторам журналов и газет, в которых я публиковал статьи на некоторые из тем, рассмотренных в книге. Это Джеймс Горман и Эрика Гуд из The New York Times, Тим Аппенцеллер из National Geographic, Дэвид Гроган, Сьюзен Круглински и Кори Пауэлл из Discover, Лора Хельмут из Smithsonian, Брюс Феллман и Катрин Лассила из Yale Alumni Magazine, Лесли Робертс из Science и Рики Рустинг из Scientific American.

Мой агент Эрик Симонофф никогда не теряет чутья, позволяющего ему отличать хорошие идеи от дурных. Увидев, как он поднимает брови при коротком рассказе о том, как плавает E. coli, я понял, что идея книги, пожалуй, неплоха. Я благодарен также Мартину Эшеру, моему редактору в издательстве Pantheon, и Тадеушу Маевски, моему иллюстратору.

Наконец, нельзя не сказать и о семье. Я благодарен своим дочерям Шарлотте и Веронике за терпение, ведь папа так много времени тратил на работу над книгой о «хорошем микробе». А моя жена Грейс обеспечивала мне одновременно и моральную поддержку, и здравую редакторскую критику. Без нее никакой книги точно не было бы

Ackermann, М., L. Chao, C. T. Bergstrom, and M. Doebeli. 2007. On the evolutionary origin of aging. Aging Cell 6 (2):235~44.

Adams, J. 2004. Microbial evolution in laboratory environments. Res Microbiol 155(5):311-18.

Adrio, J. L., and A. L. Demain. 2006. Genetic improvement of processes yielding micro- bial products. FEMS Microbiol Rev 30 (2):187–214.

Alon, U. 2007. Network motifs: Theory and experimental approaches. Nat Rev Genet 8 (6):450—61.

Andrews, S. C., A. К. Robinson, and F. Rodriguez‑Quinones. 2003. Bacterial iron homeostasis. FEMS Microbiol Rev 27 (2–3):215—37.

Avery, О. T., C. M. MacLeod, and M. McCarty. 1979. Studies on the chemical nature of the substance inducing transformation of pneumococcal types: Induction of trans- formation by a desoxyribonucleic acid fraction isolated from pneumococcus type III. J Exp Med 149 (2):297–326.

Avise, John C. 2004. The hope, hype, and reality of genetic engineering: Remarkable storiesfrom agriculture, industry, medicine, and the environment. New York: Oxford University Press.

Babili, S. al-, and P. Beyer. 2005. Golden rice — five years on the road — five years to go? Trends Plant Sei 10 (12):565—73.

Babu, M. M., and L. Aravind. 2006. Adaptive evolution by optimizing expression levels in different environments. Trends Microbiol 14

(1):11–14.

Backhed, F., R. E. Ley, J. L. Sonnenburg, D. A. Peterson, and J. I. Gordon. 2005. Host- bacterial mutualism in the human intestine. Science 307 (5717):1915-20.

Baker, D., G. Church, J. Collins, D. Endy, J. Jacobson, J. Keasling, P. Modrich, C. Smolke, and R. Weiss. 2006. Engineering life: Building a fab for biology. Sei Am 294 (6):44–51.

Baker, M. D., P. M. Wolanin, and J. B. Stock. 2006. Signal transduction in bacterial chemotaxis. Bioessays 28 (l):9-22.

Balaban, N. Q., J. Merrin, R. Chait, L. Kowalik, and S. Leibler.

2004. Bacterial persis- tence as a phenotypic switch. Science 305 (5690):1622—25.

Barluenga, М., K. N. Stolting, W. Salzburger, M. Muschick, and A. Meyer. 2006. Sym- patrie spйciation in Nicaraguan crater lake cichlid fish. Nature 439 (7077):719-23. Barrick, J. E., and R. R. Breaker. 2007. The power of riboswitches. Sei Am 296 (1):50–57. Bartoloni,

A., L. Pallecchi, M. Benedetti, C. Fernandez, Y. Vallejos, E. Guzman,

A. L. Villagran, A. Mantella, C. Lucchetti, F. Bartalesi, M. Strohmeyer,

A. Bechini, H. Gam- boa, H. Rodriguez, T. Falkenberg, G. Kronvall,

E. Gotuzzo, F. Paradisi, and G. M. Rossolini. 2006. Multidrug‑resistant commensal Escherichia eoli in children, Peru and Bolivia. Emerg Infect Dis 12 (6)507-13.

Battistuzzi, F. U., A. Feijao, and S. B. Hedges. 2004. A genomic timescale of prokaryote evolution: Insights into the origin of methanogenesis, phototrophy, and the colonization of land. BMC Evol Biol 4:44.

Behe, Michael. 1996. Darwin’s black box. New York: Free Press.

Behrens, Mark R., Nedim Mutlu, Sarbani Chakraborty, Razvan Dumitru, Wen Zhi Jiang, Bradley J. LaVallee, Patricia L. Herman, Thomas E. Clemente, and Donald P. Weeks. 2007. Dicamba resistance: Enlarging and preserving biotechnology‑based weed management strategies. Science 316 (5828):1185—88.

Beloin, C., J. Valle, P. Latour‑Lambert, P. Faure, M. Kzreminski, D. Balestrino, J. A. Haa- gensen, S. Molin, G. Prensier, B. Arbeille, and J. M. Ghigo. 2004. Global impact of mature biofilm lifestyle on Escherichia coli K-12 gene expression. Mol Microbiol 51 (3):659-74.

Benner, S. A., A. Ricardo, and M. A. Carrigan. 2004. Is there a common chemical model for life in the universe? Curr Opin Chem Biol 8 (6):672-89.

Ben‑Shahar, Y., K. Nannapaneni, T. L. Casavant, T. E. Scheetz, and M. J. Welsh. 2006.

Eukaryotic operon‑like transcription of functionally related genes in Drosophila. Proc Natl Acad Sei USA 104 (l):222-27.

Berg, Howard C. 2004. E. eoli in motion. Biological and Medical Physics Series. New York: Springer.

Bernhardt, T. G., and P. A. de Boer. 2005. SlmA, a nucleoid- associated, FtsZ binding protein required for blocking septal ring assembly over chromosomes in E. eoli. Mol Cell 18 (5):555—64.

Binnewies, T. T., Y. Motro, P. F. Hallin, O. Lund, D. Dunn, T. La, D. J. Hampson, M. Bellgard, T. M. Wassenaar, and D. W. Ussery. 2006. Ten years of bacterial genome sequencing: Comparative‑genomics- based discoveries. Funct Integr Genomics 6 (3):165—85.

Bird, C. P., B. E. Stranger, and E. T. Dermitzakis. 2006. Functional variation and evolu- tion of non‑coding DNA. Curr Opin Genet Dev 16 (6):559—64.

Blattner, F. R., G. Plunkett III, C. A. Bloch, N. T. Perna, V. Burland, M. Riley, J. Collado- Vides, J. D. Glasner, C. K. Rode, G. F. Mayhew, J. Gregor, N. W. Davis, H. A. Kirk- patrick, M. A. Goeden, D. J. Rose, B. Mau, and Y. Shao. 1997. The complete genome sequence of Escherichia coli K-12. Science 277 (5331):1453-74.